Rapporteur, ensc, Montpellier








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II.Le logiciel ScreeningAssistant

A.Le projet


Les tests de criblages, qu’ils soient réels ou virtuels, consistent à mesurer ou estimer l’activité biologique d’un grand nombre de molécules. Cela nécessite donc de pouvoir gérer ces molécules, ce qui implique de maintenir à jour la liste de molécules que l’on veut cribler et de pouvoir choisir les molécules qui seront testées pour un projet donné. Nous réalisons au laboratoire des tests de criblages virtuels, principalement de docking. Nous utilisons pour ces tests une sélection de composés soit commerciaux, soit de l’ICOA, soit enfin de la Chimiothèque Nationale. Nous utilisions précédemment MOE [136] pour gérer ces bases, en combinaison avec une interface permettant de filtrer les composés [137]. MOE dispose d’un tableur moléculaire performant, cependant il n’est pas conçu pour traiter les problèmes directement liés à la gestion de chimiothèques. Il faudrait en effet par exemple que pour chaque nouvelle molécule ajoutée à la liste, le système puisse détecter si elle existe déjà, et si c’est le cas ne pas ajouter la structure, mais garder la nouvelle référence. Ce type d’opération n’est pas disponible par défaut dans MOE, ce qui rendait la gestion de bases de criblages difficile. Il a donc été décidé de mettre en place un système adapté à la gestion de chimiothèques destinées au criblage. Au début de ce travail de thèse le cahier des charges du logiciel a été défini comme suit :

Principaux points du cahier des charges de ScreeningAssistant

- le logiciel doit être gratuit ou très abordable

- le logiciel doit être utilisable par un chimiste médicinal (sans connaissances particulières en chemoinformatique)

- un seul exemplaire de chaque structure doit être stocké (cela implique une gestion efficace des doublons)

- la mise à jour des structures de la base à partir des fichiers SDF des fournisseurs doit être automatique

- la visualisation des propriétés (diversité, doublons, pourcentage de composés « drug-like »…) des bases des fournisseurs doit être possible

- le logiciel doit permettre de générer des ensembles de molécules de manière pertinente (cela implique le calcul de propriétés physicochimiques, la prédiction des caractères « drug-like » et « lead-like » des composés, la génération d’ensemble divers…)

Tableau 5. Cahier des charges de ScreeningAssistant.

Nous sommes également conscients que d’autres structures de recherche connaissent ce problème de gestion de base de criblage. En fait seuls les grands groupes pharmaceutiques ont les moyens de développer en interne des systèmes de gestion de chimiothèques performants. Les laboratoires universitaires n’ont souvent ni les moyens humains, ni les moyens financiers pour un tel développement. De même, les petites entreprises de biotechnologies, n’ont souvent ni les moyens ni une connaissance suffisantes en chemoinformatique pour ce développement. En partant de ce constat, nous avons décidé d’élargir les objectifs du projet et de développer un logiciel qui permettrait non seulement de gérer nos bases de composés destinées au criblage, mais qui pourrait également être utilisé dans cette optique par d’autres organismes. Cet objectif fixe des nouvelles contraintes pour le projet. Il faudra ainsi que l’interface graphique et la documentation soient de qualité suffisante pour être utilisées par n’importe quel utilisateur avec des connaissances de chimie médicinale, mais sans connaissances particulières en chemoinformatique. En outre, le logiciel devra être financièrement accessible.
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